台式高速离心机的核心功能是通过旋转运动产生离心力，将混合物中的不同成分按密度或粒径分离。设备启动后，转子以每分钟数千至数万转的速度旋转，样品在离心力作用下分层，密度较大的颗粒（如细胞碎片）沉积在管底，密度较小的液体（如上清液）则留在上层。例如，在分离酵母细胞与发酵液时，离心机可在5分钟内完成分离，而自然沉降需数小时。
与传统分离方法相比，台式高速离心机具有明显优势。过滤法虽能分离固体与液体，但易堵塞滤膜且无法分离不同密度的液体；沉淀法需添加化学试剂，可能引入污染或影响样品活性。食品检测机构曾用过滤法分离果汁中的果肉颗粒，但滤膜堵塞导致处理时间延长，改用离心机后，分离时间缩短至3分钟，且无需更换滤膜。此外，离心机的密闭设计可避免样品挥发或交叉污染。
