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离心机的控制系统通常有低温控制和常温2种，但超过18000r/min的机型多为低温控制。低温控制多为一级压缩机无氟制冷，控温范围一般在-9℃～-40℃或-20℃～40℃，精度≤1℃。具有预冷（Pre-cooling）程序、待机状态可恒冷维持功能，以适应实验室机动性、连续性工作需要。离心机需要冷冻控温系统主要是取决于两个原因： 一是离心机在高转速运行时转子体与空气摩擦生热导致机身温度不易控制，过高温度影响离心机内部元件的使用寿命。冷冻离心机带有制冷系统，能够控制温度保护机器元件；二是根据用户实验要求，必须配有低温控制系统，比如分离一些有机活性物质：酶，有机易挥发的物质等需要恒温或是温差不超过正负10℃。来保证实验条件满足实验设计需要，确保实验顺利进行。